当社就業規則において、時間外手当の算定基礎は基準内賃金―家族手当となっており、基準内賃金には住宅手当も含まれています。算定基礎としては住宅手当は除外されるものと労基法では定められていると思われますが、この場合は本来どうすべきでしょうか？
また、基準外賃金として営業手当（固定給）が含まれています。基準内、基準外は会社が独自に定めていることと思われますので、基準法に則った計算方法ですべきでしょうか？

基本的なことの確認ですが、労基法は最低限のルールです。労基法を上回る規則は、法的にみれば歓迎されるべきものです。また労基法は、住宅手当、家族手当等を時間外手当ての算定基礎から「除外しなさい」としているのではなく、「除外してもいいよ」としているのです。
ただ住宅手当もその内容によっては、算定基礎から除外できるものに該当しない場合がありますので、注意が必要です。

米吉さん、ありがとうございます。
では、就業規則に書かれているように住宅手当は算定基礎に含め、また、基準外賃金に含めている営業手当も算定基礎に含めるべきという解釈でいいでしょうか？

> 当社就業規則において、時間外手当の算定基礎は基準内賃金―家族手当となっており、基準内賃金には住宅手当も含まれています。算定基礎としては住宅手当は除外されるものと労基法では定められていると思われますが、この場合は本来どうすべきでしょうか？

労基法には「家族手当や住宅手当、通勤手当などは、時間外手当の算定から除外できる」とありますが、この運用には注意しなければならない点がいくつかあります。

誤解を恐れず一言で言い切ってしまうと、“その支給が属人的要素に左右されていること”が必要です。

どういうことかというと、例えば、住宅手当について「勤務年数3年までは30,000円、5年までの者は50,000円」という風に支給されておられる場合については、時間外手当の基礎に算入しなければなりません。

では、住宅手当が時間外手当の算定から除外できる場合とは、「賃貸なのか、持ち家なのか、住居費として毎月いくら支払っているのか」など、さまざまな要因を加味して決められたものであることが必要です。

家族手当の場合も同様に、家族が1人の場合はいくらなど、ある程度細かな運用が必要になります。（住宅手当に比べればずっと簡単ですが）

通勤費も、各人の通勤距離や交通機関によって支給額が違いますよね？

以上の理由から、家族手当はともかく、住宅手当に関しては時間外手当の算定基礎に算入している（せざるを得ない）会社がほとんどでしょう。

> また、基準外賃金として営業手当（固定給）が含まれています。基準内、基準外は会社が独自に定めていることと思われますので、基準法に則った計算方法ですべきでしょうか？

営業手当は、当然に時間外手当の基礎に算入しなければなりません。
よくある社長の言い分としては「営業手当は残業手当の先払いである」というのもありますが。

当然ですが、認められません。
（合法化するにはいくつか工夫が必要です。）